En tant que plateforme de cytométrie localisée sur le plus grand centre hospitalier parisien, CyPS a pu mettre très rapidement à profit des projets de recherche clinique sur le Covid-19 avec les technologies de pointe qu’elle développe au quotidien.
Trois technologies de cytométrie ont ainsi été appliquées à l’analyse de projets de recherche sur le Covid-19 :
1. La Cytométrie de masse dans le cadre du projet en partenariat avec le Pr Benjamin Terrier (Service de Médecine Interne Hôpital Cochin).
CyPS a participé à l’étude immuno-COVID1 du Pr Benjamin Terrier sur la caractérisation immunitaire des patients en réanimation. L’objectif a été d’évaluer l‘analyse du profil immunologique et la réponse antivirale dans les formes graves.
Le design du profil phénotypique à haut-débit des cellules sanguines par cytométrie de masse a été mis en place sur la plateforme CyPS. Ce profil phénotypique a été complété par une étude transcriptomique et une quantification de la production de cytokines par les cellules immunitaires. Au total, une cohorte de cinquante patients atteints de Covid-19 avec un spectre de gravité de la maladie a été analysée. Tous les patients ont été testés 8 à 12 jours après les premiers symptômes.
Un phénotype unique a été identifié chez les patients gravement malades. Il consiste en une réponse fortement altérée de l’IFN de type I, caractérisée par une faible production d’interféron, avec pour conséquence une régulation à la baisse des gènes stimulés par cette cytokine. Ce phénomène a été associé à une charge virale sanguine persistante et à une réponse inflammatoire exacerbée, partiellement induite par le facteur de transcription NFκB. Notre analyse révèle également une augmentation de la production de TNF-α et d’IL-6 ainsi que par une augmentation des chimiokines immunitaires innées.
Ces résultats suggèrent que la déficience en IFN de type I sanguin est un marqueur spécifique vers une évolution grave de la maladie. Ce marqueur permettrait d’identifier une population à haut risque suite à l‘infection. Ces résultats suggèrent également une nouvelle piste thérapeutique consistant en l’administration d’IFN combinée avec une thérapie anti-inflammatoire adaptée ciblant l’IL-6 ou le TNF-α chez les patients les plus sévères. Ces données soulèvent également des inquiétudes quant à l’utilisation de médicaments qui interfèrent avec la voie de l’IFN (telle que l’hydroxi-chloroquine).
L’article est disponible sur medRxiv : https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.19.20068015v1
2. Le Tri confiné en cytométrie en flux en partenariat avec l’équipe de recherche du Pr Gorochov (CIMI)
Cette étude va permettre une analyse du système immunitaire au cours de l’infection COVID-19 pour déterminer si le profil de réponse immune peut servir de marqueur de gravité, de marqueur prédictif de l’évolution de la maladie ou de cible thérapeutique. Ce projet de recherche a pour objectif de trier différentes populations de cellules immunitaires afin de réaliser l’analyse du répertoire cellulaire et la quantification du génome viral.
Le projet est réalisé sur des cellules mononuclées sanguines provenant de patients infectés par le SARS-CoV-2 hospitalisés dans le service de médecine interne de la Pitié Salpêtrière. L’activité de tri est réalisée grâce à l’environnement confiné (en L2+ et sous hotte) du trieur de la plateforme CyPS.
3. La Cytométrie spectrale en partenariat avec la société CYTEK
La cytométrie spectrale en flux est basée sur l’analyse du spectre d’émission des molécules fluorescentes. Cette technologie apporte une grande flexibilité pour les combinaisons hautement multiparamétriques. N’ayant pas sur le site de Sorbonne Université la technologie de cytométrie spectrale, CyPS a sollicité l’industriel Cytek.
Cytek a mis à disposition un cytomètre analyseur spectral à haute performance pour aider à concevoir des panels immunologiques en 33 et 37 marqueurs. Ainsi il a été mis en place un immuno-phénopage à haut débit très précis pour assurer l’étude immunologique de la cohorte APHP-COVID19 et l’ensemble des recherches associées. L’activité est en cours.
Un partenariat industriel (Cytech), technologique (plateforme CyPS – UMS PASS) et scientifique (Pr Guy Gorochov – laboratoire d’immunologie AP-HP – Hôpital Pitié-Salpêtrière, Christophe Combadiere et Behazine Combadiere – Centre d’immunologie et de maladies infectieuses – CIMI Paris) s’est mis en place pour répondre au mieux aux exigences de la cytométrie clinique grâce à la faculté de médecine de Sorbonne Université.
Le cytomètre est confiné dans un laboratoire L2 mis à disposition pour cette étude par Serban Morosan, UMS28, faculté de Médecine Sorbonne Université.
Ce travail a fait l’objet d’un communiqué LinkedIn.
Contact : cyps@sorbonne-universite.fr